105年度．行政院科技部專題研究計畫(醫學資訊學門)．抑癌蛋白家族突變體功能性之整合分析與樣式探勘．主持人

104年度．行政院科技部專題研究計畫(醫學資訊學門)．以分子結構之觀點探討致癌與抑癌蛋白之啟動模式(II)．主持人

104年度．行政院科技部專題研究計畫．BLASTP應用禁忌搜尋法以解決流線式生產排列問題之GPU平行化研究．共同主持人

104年度．行政院科技部專題研究計畫．以元件式軟體工程達成商用網站與商用APP的自動化建構．共同主持人

103年度．行政院科技部專題研究計畫(醫學資訊學門)．以分子結構之觀點探討致癌與抑癌蛋白之啟動模式．主持人

103年度．行政院科技部專題研究計畫．BLASTP在圖形加速器中平行計算之最佳化研究．共同主持人

102年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫(醫學資訊學門)．結合統計分析與演化計算以提高數量性狀基因座定位的效能．主持人

102年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫．生物資訊演算法在GPU高速執行之研究．共同主持人

102年度．行政院國家科學委員會大專學生研究計畫．應用以蒜頭皮副產物作為飼料添加物之評估．指導教授

101年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫(醫學資訊學門)．蛋白質突變體之醫學資訊探勘-胺基酸突變、蛋白質功能與人類疾病之整合研究．主持人

100年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫(醫學資訊學門)．蛋白質穩定性的知識開發與模糊預測及其功能性之分析．主持人

100年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫(人工智慧與仿生計算學門．產學合作研究計畫)．智慧型水質檢測品管系統之研發．主持人

100年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫．在慢性B型肝炎自然病程病患中，以B型肝炎病毒前核心與核心蛋白之胺基酸序列變異預測造成病毒動態族群分類與e抗原轉陰與否的序列共變異規則．共同主持人

  98年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫(生物資訊與醫療資訊學門)．蛋白質雙點突變的穩定性分析與預測之整合研究．主持人

  97年度．行政院國家科學委員會專題研究計畫(生物資訊與醫療資訊學門)．以微陣列晶片為基礎的癌症預測與知識擷取之整合研究．主持人